[COMMUNAUTÉ] Portrait de Anshu Bhardwaj, biologiste et data scientist
Anshu Bhardwaj est chercheuse en biologie et data scientist. Née dans une famille de médecins, elle souhaite dès le plus jeune âge aider les patients à plus large échelle que dans un cabinet. Anshu se destine à la recherche sur la résistance antimicrobienne.
07 09 2022
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LUTTER CONTRE LA RÉSISTANCE AUX ANTIMICROBIENS, SENSIBILISER PAR LE JEU

Anshu Bhardwaj est chercheuse en biologie et data scientist. Née dans une famille de médecins en Inde, elle souhaite dès le plus jeune âge aider les patients à plus large échelle que dans un cabinet. Anshu se destine rapidement à la recherche sur la résistance antimicrobienne (RAM), afin de développer des outils pour y faire face. Titulaire d’une bourse de recherche de longue durée au Learning Planet Institute, elle passe un an à Paris dans un environnement de recherche ouvert sur le monde, et décontracté. Portrait.


Anshu Bhardwaj est née dans une ville de taille moyenne en Inde. Dans la famille, c’est un peu une tradition d’être médecin : le père d’Anshu, son oncle et son frère le sont. En grandissant, la jeune fille s’intéresse aux patients et à leurs besoins : « Comment puis-je les aider ? Comment toucher des populations beaucoup plus larges ? ». D’aussi loin qu’elle se souvienne, c’est pour répondre à ces questions qu’Anshu a toujours voulu devenir chercheuse.

« J’aime travailler avec tous ceux qui souhaitent relever les défis de santé publique », dit-elle encore aujourd’hui. Le principal intérêt de recherche d’Anshu est de développer des outils pour lutter contre la résistance aux antimicrobiens (RAM).

Titulaire d’un master en biotechnologie, Anshu s’intéresse très tôt aux approches interdisciplinaires. Passionnée par les plateformes d’analyse de données biomédicales, en particulier pour la compréhension de la biologie des infections et des maladies rares, elle souhaite par ce biais améliorer les traitements et les diagnostics.

En 2001, elle commence un doctorat en sciences de la vie (sur la compréhension des corrélations génotype-phénotype dans les maladies mitochondriales humaines) au Centre for Cellular & Molecular Biology (CSIR-CCMB) à Hyderabad en Inde. Elle l’obtient en 2008.

Un mois après l’obtention de sa thèse, Anshu co-fonde un laboratoire indépendant : l’Open-Source Drug Discovery, où elle conçoit et développe des processus de découverte de nouveaux médicaments grâce au crowdsourcing.

Titulaire de nombreux prix, dont celui de jeune innovatrice du PNUD (Programme des Nations-Unies pour le Développement), Anshu donne des conférences internationales, est rédactrice en chef de Frontiers in Systems Biology, Protein Bioinformatics et Computational Genomics, chercheuse associée au Science Translational Medicine, et membre du comité de rédaction du Journal of Genetics.  Au-delà des publications, la biologiste aime transmettre et co-construire avec ses étudiant·e·s.

En 2016, Anshu déménage son laboratoire de recherche à 200km de Delhi, un lieu vert et équipé des dernières technologies, dont un super-ordinateur. « Tous les étudiant·e·s m’ont suivie. Ils/Elles sont vraiment intéressé·e·s par les recherches que l’on mène ensemble» dit Anshu, qui a formé plus de 500 étudiant·e·s au total. Elle les surnomme « SciTechtives » et co-développe avec eux des outils d’analyse des données.

« Ces vingt dernières années, j’ai appris à comprendre les ensembles de données. » sourit Anshu, qui traite des informations sur les maladies rares et les maladies infectieuses comme la tuberculose, sujet sur lequel elle travaille depuis de nombreuses années.

« Beaucoup de personnes notamment en Inde, ne sont pas diagnostiquées. Le problème, c’est que nous utilisons de vieilles méthodes qui ne sont pas réactives. On ne sait pas ce que l’on a identifié : est-ce une réaction à la maladie ou au médicament ? Si l’on séquence un isolat, cette information est disponible au niveau de la séquence du génome. Cela nous aide à comprendre les infections bactériennes» explique Anshu, de manière claire et pédagogue.

Ces recherches sur le génome, ont permis à Anshu d’obtenir une bourse de longue durée au CRI (aujourd’hui Learning Planet Institute). « J’ai rencontré François Taddei et Ariel Lindner (co-fondateurs du Learning Planet Institute) en Inde il y a quelques années, nous travaillions sur le même projet.» Quelques mois plus tard, Ariel Lindner fait circuler un email pour proposer une bourse de longue durée au sein du CRI. Après 8 mois d’écriture de sa proposition, Anshu obtient la bourse. « À l’époque, les centres de recherche indiens ne s’intéressaient pas au sujet. Aujourd’hui, c’est le cas. »

Au Learning Planet Institute, Anshu a deux objectifs conformes au plan d'action mondial contre la RAM. Le premier : travailler sur les signatures génomiques afin d’identifier les agents pathogènes prioritaires, et le second : développer un jeu pour sensibiliser à la RAM.

Pour son premier objectif - de recherche - Anshu s’appuie sur son expérience en matière de crowdsourcing, de génomique fonctionnelle et comparative et de découverte computationnelle de médicaments. Elle examine la séquence du génome grâce à plus de 900 isolats cliniques dans 12 pays différents, et découvre que les marqueurs de résistance ne sont pas les mêmes selon le contexte. Ainsi, au Royaume-Uni ou en Malaisie, la résistance ne prend pas la même forme. La méthode de diagnostic et d’application clinique doit donc être adaptée à la communauté locale. « Nous devons maintenant chercher à comprendre les raisons de ces différences » poursuit Anshu, passionnée. « Au Learning Planet Institute, j’ai pu aller très loin dans la compréhension de ces mécanismes, bien plus loin qu’à la lecture de nombreux rapports scientifiques reconnus. »

Le second objectif d’Anshu, au Learning Planet Institute, était de développer un jeu vidéo sur la résistance antimicrobienne, pour encourager la compréhension des enjeux en classe : elle crée ArMoR, un jeu d'attaque-défense où les jeunes peuvent étudier l'attaque des bactéries, l'émergence de résistances dues à une utilisation inappropriée des antibiotiques et la comment les mécanismes de défense ne sont pas suffisants pour les contrer.

« Nous ne voulions pas d’un jeu qui soit trop informatif, où les enfants s’ennuient. Nous souhaitions créer un jeu plus engageant ». La version actuelle du jeu comporte sept niveaux de difficulté. Il est destiné aux étudiant·e·s en médecine, et est soutenu par l’OMS en Inde.

« Si je n’étais pas passée par le Learning Planet Institute, le jeu n’aurait pas forcément pris cette forme. Si j’avais fait la même chose ici, en Inde, je n’aurais pas fait les progrès que j’ai faits au Learning Planet Institute. »

Pour Anshu, les chercheur·se·s du Learning Planet Institute ont un état d’esprit non-traditionnel, disruptif et très ouvert sur l’extérieur. Une aubaine pour la biologiste indienne, dont le voyage au Learning Planet Institute était une première hors de son pays natal. « Pouvoir travailler dans un centre de recherche international, c’est une grande chance. Et je ne me suis pas fait que des collègues, mais aussi des ami·e·s, qui m’ont beaucoup appris. »  

Anshu le dit, la diversité des profils au Learning Planet Institute l’a fait évoluer en tant que chercheuse, mais aussi en tant que personne. « Personne n’a le même parcours, mais tout le monde a beaucoup à s’apporter. On découvre des choses dont on ne soupçonnait même pas l’existence. Chacun fournit un effort pour expliquer son travail aux autres. Le Learning Planet Institute offre cette interface où chacun peut échanger, profiter d’une vision plus holistique et grandir, tout en contribuant à la croissance des autres. »

« C’est aussi un environnement dans lequel on se sent soutenu, qui est très très relaxant mentalement. On travaille avec de bon·ne·s chercheur·se·s, mais surtout de belles personnes. Le Learning Planet Institute, c’est un ensemble de belles personnes. C’est incroyable. On finit toujours par avoir des discussions à la fois intéressantes et amusantes. »

Avec la pandémie, Anshu n’a passé qu’un an au Learning Planet Institute. Mais elle n’a pas dit son dernier mot : « Je réfléchis à d’autres projets. J’aimerais revenir, c’est certain », conclut-elle en souriant.


Un portrait de Marie OLLIVIER

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